Das Wissenschaftliche Institut der deutschen Steuerberater äußert in einem Rechtsgutachten starke Zweifel an der rechtlichen Gültigkeit von Steuererklärungen, die Bürger im Basismodell des ElsterOnline-Verfahrens abgeben. Nach Auffassung der Gutachter stellt diese Methode lediglich sicher, dass die Steuererklärung von einem bestimmten Rechner stammt – nämlich dem, auf dem das von ElsterOnline ausgestellte Zertifikat installiert ist. Die Steuergesetze sehen jedoch in vielen Fällen die eigenhändige Unterschrift (oder die qualifizierte elektronische Signatur) des Steuerpflichtigen vor. Da jedoch die eigenhändige Unterschrift im Internet nicht möglich ist und kaum ein Bürger über eine qualifizierte elektronische Signatur verfügt, hat die Finanzverwaltung bei ElsterOnline hierauf verzichtet. Stattdessen erhält der Steuerpflichtige nach der Anmeldung beim Portal für den Basisdienst von ElsterOnline ein Software-Zertifikat, das er auf seinem Rechner installiert. Nach Auffassung der Wissenschaftler kann eine mit diesem Zertifikat signierte Steuererklärung jedoch nicht als „eigenhändig unterschrieben“ gelten. Deshalb seien ihre rechtliche Bindung und Wirkung zweifelhaft.
Also im Zweifelsfall für die Einkommensteuererklärung lieber weiter die Papierform benutzen.